در هنگام ورود اقوامی که از آسیای مرکزی آمدند به آناتولی ، آغری یک گذرگاه تشکیل داده، به همین سبب صحنه تمدن های زیادی شده است. اما از آنجا که این تمدن ها به آغری را به صورت یک رودی دیده اند در اینجا حکومتی ریشه دار تشکیل نداده اند. ریشه دارترین تمدن در تاریخ این شهر را اورارتوها تشکیل داده اند. اولین جمعیت ترک که به آناتولی شرقی آمده و ساکن شدند ساکالار بودند که در سال 680 قبل از میلاد به این منطقه آمدند. برای مدت کوتاهی در اطراف رودخانه مراد و دغوبایزید سکونت کردند. سپس آغری و اطراف آن تحت سلطه آرساکلیلار و پادشاهی آرتاکسیاسلی درآمده. این منطقه در زمان حضرت عثمان توسط ارتش های اسلامی فتح شده. آغری، توسط یاووز سلطان سلیم پس از جنگ چالدران به سرزمین عثمانی پیوست. نام شهری که در زمان عثمانی به شوربولاک معروف بود، در دوره ارمنی ها بنام کاراکیلیسه تغییر داده شده. در زمان کاظم کارابکیر پاشا با تغییر نام کاراکیلیسه ، به نام کاراکوسه نامگذاری شده. از آنجا که بنظر میرسد کوه و کشور آرارات، که بدلیل ارتباطش با طوفان نوح نام آن در تورات آمده، در اطراف آغری بوده، غربی ها به آغری، آرارات نیز میگویند. آغری که در سال 1834 بخش، در سال 1869 شهرستان بوده، در 1927 به شهر تبدیل شده. این شهر از آنجا که در میان مرزهای بزرگترین کوه ترکیه، آغری با ارتفاع 5.137 متری واقع شده نام آغری را به خود گرفته.